Kloning Fragmen-Fragmen RAPD Penciri Spesies Colletotrichum sp Untuk Pengembangan Sistem Deteksi Dini Pathogen Penyebab Anthrachnosa Pada Pertanaman Cabai

Jamsari, Jamsari (2008) Kloning Fragmen-Fragmen RAPD Penciri Spesies Colletotrichum sp Untuk Pengembangan Sistem Deteksi Dini Pathogen Penyebab Anthrachnosa Pada Pertanaman Cabai. Working Paper. FAKULTAS PERTANIAN. (Unpublished)

Microsoft Word (Kloning Fragmen-Fragmen RAPD Penciri Spesies Colletotrichum sp Untuk Pengembangan Sistem Deteksi Dini Pathogen Penyebab Anthrachnosa Pada Pertanaman Cabai) - Supplemental Material Available under License Creative Commons Public Domain Dedication. Download (601Kb)

Abstract

Konversi sistem marker RAPD menjadi sistem marker yang lebih spesifik seperti STS, SCARs ataupun CAPS membutuhkan informasi sekuens fragmen yang dikehendaki. Oleh karena sifat fragmen RAPD yang dihasilkan dari amplifikasi acak, maka sering dijumpai bahwa fragmen tersebut bukan merupakan fragmen tunggal. Oleh karena itu, maka langkah kloning sebelum melakukan kegiatan sekuensing fragmen RAPD merupakan suatu tahap yang harus dilakukan. Ligasi dan transformasi yang telah dilakukan terhadap 7 fragmen RAPD dari dua kelompok spesies spesifik (3 spesifik pada C. gleosporides dan 4 spesifik pada C. capsici) telah dikloning menggunakan sistem pGEM –T Easy dengan bantuan bakteri E. Coli strain DH5α. Sebanyak 47,6% koloni diperkirakan memiliki plasmid yang mengandung fragmen RAPD. Analisis preparasi mini plasmid DNA dan evaluasi berbasis PCR menggunakan primer T7SP6 berhasil memastikan keberadaan fragmen RAPD. Purifikasi lebih lanjut terhadap fragmen T7SP6 terbukti berhasil menyiapkan produk PCR yang berkwalitas baik untuk digunakan dalam kegiatan sekuensing fragmen-fragmen yang sudah diinsersikan. Kata Kunci: C. capsici, C. gleosporides, fragmen RAPD, ligasi, transformasi

Actions (login required)

View Item